En Chile, las floraciones algales nocivas (FAN) han sido descritas como eventos naturales mayormente concentrados en los fiordos y canales patagónicos y aparentemente cada vez más frecuentes y en franca expansión espacial. Frente a esto, el Estado chileno ha enfocado esfuerzos tanto en temas sanitarios como socioeconómicos a través de programas de monitoreo en las costas chilenas para salvaguardar vidas humanas y gestionar el manejo adecuado de los recursos marinos.

Existe un avance significativo en el estudio de las FAN en Chile. No obstante, la manera de abordarlas ha sido dispersa, poco sistemática y sin integrar o relacionar los aspectos claves del problema (por ejemplo, causas, consecuencias, respuestas desplegadas desde distintos sectores de la sociedad, sistema de gobernanza). Esto sugiere que se obtendría un mayor avance si se coordinaran los esfuerzos desarrollados desde distintas instituciones y disciplinas, como también integrando el trabajo de la academia con la sociedad civil y el sector privado. Esto no sólo optimizaría el uso de los recursos disponibles, sino que también contribuiría al desarrollo de estrategias más efectivas para la prevención y mitigación; generando y/o mejorando sistemas de pronósticos y de alerta temprana, y diseñando modelos de gobernanza que permitan dar una mejor respuesta a los impactos.

La mayoría de las definiciones de FAN la describen como una proliferación excesiva y en corto tiempo de cierta especie de microalga, sin abordar la real dimensión de los impactos y respuesta de la sociedad. Asumiendo esta complejidad, el equipo del CR2 ha consensuado la siguiente definición del fenómeno: «Las floraciones algales nocivas son un proceso natural que conlleva cambios en la composición y estructura de la comunidad planctónica debido a causas multifactoriales, donde uno de sus miembros (sea o no productor de toxinas) alcanza mayores valores de abundancia (por encima de un valor medio) en un corto período de tiempo, produciendo impactos sistémicos negativos en los socioecosistemas costeros frente a los cuales, el Estado y la sociedad, en su conjunto, deben responder con una adecuada gobernanza para mitigar y aminorar dichos impactos.»